南京指南车机器人工程师学院确实得到了国家层面的认可。该学院不仅拥有教育部门颁发的办学许可证等证书，还获得了工信部授予的企业联合认证。此外，指南车机器人科技有限公司作为国家高新技术企业，拥有省级研发中心、知识产权管理体系认证证书、ISO9000质量管理体系认证证书以及职业技能评价许可证。这些和认证表明，南京指南车机器人在教学质量和行业标准上都得到了国家相关部门的认可，其颁发的认证证书在行业内也具有较高的含金量。